Natančni razlogi za pojav aft še niso popolnoma jasni. Znano pa je, da je pojavnost aft bolj pogosta pri ljudeh, kjer je ta bolezen že prisotna v družini. Zdi se, da pojav aft sprožijo določeni dejavniki, ki zmotijo imunski sistem. Med možne dejavnike štejemo stres in pomanjkanje spanja, hormonske spremembe, slabokrvnost, mehanske poškodbe, kot je ugriz v ustnico, pomanjkanje vitaminov, kot so vitamin B, folna kislina in železo, določena hrana, določene zobne paste, menstruacija, preobčutljivost na določena zdravila in virusne okužbe.